رتب ابن سيده معجمه هذا على طريقة الخليل فجعله بحسب مخارج الحروف من الأسفل فالأعلى فابتدأ بالعين دون الهمزة والهاء كالخليل في معجم العين فيبين في حرف العين مثلا (عجر) ثم يقلبها ويبين معنى (عرج) (رعج) ، (جعر) ، (رجع) ، مراعيا الترتيب بعيدا عن الحشو قدر الامكان. ولما كان ترتيب الكتاب غير مألوف للكثير اليوم قامت الدار بوضع مجلد للفهارس رتبت فيه المواد اللغوية بحسب المألوف من حروف المعجم تيسيرا على الباحثين فيه ، وفهرسا للآيات والأحاديث والأمثال والأقوال والأشعار والأرجاز